Фамилия Кункина — редкий случай, когда разбор упирается не в одно, а сразу в несколько возможных исходных слов, и выбор между ними зависит от региона и исторического контекста. По модели образования это типичная «матронимическая» или «прозвищная» фамилия на -ин, означающая «чей?» — то есть человек из рода Кунки. Вопрос в том, что скрывается в основе: имя, прозвище или диалектное слово.

Самая прямая версия — от канонического имени Акинф, которое в народной речи часто сокращали до Кунка. Такая модель встречается: полное имя давало уменьшительную форму, а от неё уже делали фамилию. Подтверждение этой гипотезы — существование фамилии Кункин у староверов и в северных говорах, где любили усекать имена. Если так, то предок носителя фамилии был сыном некоего Кунки, то есть Акинфа.

Вторая версия отсылает к прозвищу Кунка, которое могло означать «куница» в диалектном произношении. В русских говорах слово «кунка» фиксируется как название меха или самого зверька. Тогда прозвище давали либо ловкому, юркому человеку, либо скорняку, работавшему с куницами. Сравните с фамилиями Куницын, Кунечкин — они однокоренные, но Кункин стоит особняком из-за суффикса -к-, который мог быть уменьшительным.

Третья, менее очевидная версия — связь с тюркским словом «кун» (солнце, день) через форму Кунка. В татарской и башкирской среде встречаются фамилии Кункин, и там основа может восходить к личному имени Кунка, что значит «солнечный». В таком случае фамилия — не русская по происхождению, а обрусевшая, что не редкость для Поволжья и Приуралья.

Ударение в фамилии, судя по фиксациям в справочниках, падает на первый слог: Ку́нкина. Встречается она преимущественно в центральных областях России, а также в Татарстане и Башкортостане, что косвенно подтверждает обе версии — и северорусскую, и тюркскую. Однозначного ответа, от какого именно корня пошла фамилия, нет, но наиболее правдоподобным выглядит происхождение от имени Акинф через форму Кунка: это объясняет и суффикс, и географию бытования.