Фамилия Купалкина — женская форма фамилии Купалкин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Купалка. В основе лежит глагол «купать» или «купаться». Самая очевидная версия: Купалкой в русских говорах могли называть того, кто любил купаться, часто плескался в воде, работал у воды или жил на берегу реки. Прозвище могло закрепиться за лодочником, перевозчиком или рыбаком — человеком, чья жизнь была связана с водой.

Однако есть и менее прямолинейное объяснение. В некоторых диалектах «купалка» — это не человек, а растение: так в народе называли купальницу (троллиус), а также некоторые виды лютиков и водяных лилий. В этом случае прозвище могли дать по месту жительства — «там, где растут купалки», или как шутливое прозвище сборщику трав. Филолог Борис Унбегаун в своём словаре русских фамилий упоминает, что прозвища от названий растений были распространены, но обычно они переходили в фамилии через суффикс -ов/-ев (Купалков). Вариант с суффиксом -к- и окончанием -ин (Купалкин) типичен для прозвищ, образованных напрямую от глагольной основы: Плакса — Плаксин, Купалка — Купалкин.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Купалки». Такая модель была особенно характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге. Географически фамилия Купалкин нечастая, её можно встретить в Поволжье и на Урале, но массового распространения она не получила.

Сословного барьера у фамилии не было: её мог носить и крестьянин, живший у реки, и посадский человек, промышлявший рыбной ловлей. В документах XVIII–XIX веков Купалкины встречаются среди государственных крестьян и мещан. Известных носителей с громкой исторической биографией нет — это рядовая, но выразительная фамилия, которая прямо говорит о занятии или привычке предка.