Фамилия Купецков — редкий случай, когда основа прозрачна, а способ её образования ставит вопросы. Если отбросить очевидную ассоциацию с купцом, сразу бросается в глаза нестандартный суффикс: не привычное -ов, а -цк-ов. Это ключевая деталь.

Большинство фамилий на -цкий (-ский) в русском языке — дворянские, польские или образованы от географических названий (Троицкий, Знаменский). Но Купецков явно не из этого ряда. Суффикс -цк- здесь, скорее всего, появился не от прилагательного «купецкий» (такая форма встречалась в говорах), а от прозвища или мирского имени Купец. В старину «купцом» могли назвать не только торговца, но и запасливого, расчётливого или прижимистого человека. К основе Купец прибавили сначала типичный для прозвищ суффикс -к- (Купецко), а уже от него — фамильный -ов. Получилась редкая модель: прозвище → полуотчество Купецко → фамилия Купецков.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодской, Костромской, Нижегородской. В этих краях фамилии на -ов от прозвищ на -ко (Кошельков от Кошелько, Гвоздков от Гвоздко) встречаются чаще, чем на юге, где предпочли бы форму Купецко без суффикса.

Версия о прямом происхождении от купеческого сословия маловероятна. Купцы как класс в России были относительно замкнуты, и их фамилии образовывались иначе — чаще от личных имён или названий городов (Москвин, Тверской). Фамилия Купецков, скорее, выдаёт не богатого торговца, а крестьянина или ремесленника, получившего уличное прозвище за характер или поведение.