Фамилия Купировы — редкий пример, где прозвищная основа, скорее всего, связана не с профессией, а с анатомической деталью. Исходное прозвище Купир, по одной из версий, восходит к слову «купер» — так в русских говорах называли оконечность крестцовой кости у зверей и человека, то есть место, откуда начинается хвост (у птиц — хлупик, крайний задок, в котором держатся хвостовые перья). Прозвище могли дать человеку из-за какой-то приметной особенности в этой части тела — например, из-за осанки, походки или небольшого физического изъяна.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов присоединился к основе Купир, и получилось отчество «сын Купира». Со временем это отчество закрепилось как фамилия. Такая модель — самая массовая в русской ономастике, но основа здесь необычная: в отличие от частых «профессиональных» фамилий (Кузнецов, Плотников), Купировы ведут род от человека с прозвищем по внешнему признаку.

Встречается и альтернативная версия: Купир мог быть искажением или диалектным вариантом слова «купец» или «купить». Но она менее убедительна: фонетический переход «ц» в «р» для русских говоров нетипичен, а анатомическое значение слова «купер» зафиксировано в словарях народных говоров. Кроме того, существовала фамилия Куперов — от английского «cooper» (бондарь), но Купиров к ней отношения не имеет: суффикс -иров указывает на русскую, а не заимствованную основу.

О точном месте возникновения фамилии судить сложно. Фамилии на -ов массово формировались в XV–XVII веках в центральных и северных землях России, но Купировы — фамилия редкая, в современных справочниках почти не встречается. Это может говорить о том, что род был немногочисленным или жил в удалённой местности, где прозвище не получило широкого распространения.