Фамилия Купрунец — редкий случай, когда географический корень почти прозрачен, но суффикс заставляет задуматься. Основа здесь — «Купрун», а это украинская или белорусская народная форма имени Киприан (в просторечии — Куприян, Купрун). Киприан — имя греческого происхождения, означающее «с острова Кипр». Так что в первом приближении Купрунец — потомок человека по имени Купрун, то есть Киприан.

Однако ключевая деталь — суффикс «-ец». В восточнославянской ономастике он редко работает как простой «сыновний» патроним (для этого обычно брали -ович, -ов, -ин). «-Ец» чаще указывает на происхождение с определённой территории или из определённого рода. То есть Купрунец — это не просто «сын Купруна», а скорее «человек из рода Купрунов» или, что ещё вероятнее, «выходец из села/хутора Купруновка/Купруново». Такая модель типична для западных регионов — Волыни, Галиции, Подолья, а также для юга Беларуси. Если бы фамилия возникла в центральной России, она звучала бы как Купрунов.

Есть и вторая, более прозаичная версия. В некоторых говорах «купрун» или «купрунец» могло быть прозвищем человека, торговавшего купоросом (медным купоросом) или работавшего с ним. Купорос в XIX веке широко использовался в кожевенном деле, при окраске тканей и в сельском хозяйстве для протравки зерна. Прозвище торговца или мастера по купоросу могло закрепиться за его детьми как Купрунец. Эта версия менее популярна, но лингвистически допустима: переход «порос» в «прун» в народной речи — явление известное (сравните «порох» и «прух» в диалектах).

Написание фамилии устойчивое, без вариантов вроде Купринец, что тоже говорит в пользу её западного происхождения: на украинских и белорусских землях звук [у] в безударном положении сохранялся чётче, чем в северных говорах, где его могли редуцировать до [ы]. Таким образом, носитель фамилии Купрунец с высокой вероятностью имеет корни в западноукраинском или южнобелорусском регионе, а его предок либо носил имя Киприан, либо был выходцем из села с таким названием. Сословной привязки нет — фамилия встречалась и среди крестьян, и среди мещан, но никогда не была дворянской.