Фамилия Курганакова — редкий случай, когда географическая привязка просматривается почти наверняка, а вот точное значение основы остаётся предметом спора. В ней сразу заметен тюркский след: корень «курган» в языках народов Поволжья, Урала и Сибири означает не только древний могильный холм, но и просто «холм», «возвышенность», а в некоторых диалектах — «крепость» или «укреплённое поселение». Однако прямое прозвище «Курган» от этого слова маловероятно — слишком нейтрально и не даёт характерной черты человеку. Куда логичнее предположить, что в основе лежит тюркское мужское имя Курган (или Курганбай, Курганбек), которое давали детям с пожеланием быть крепкими, как холм, или жить долго, как древний курган. Имя это встречалось у башкир, татар, казахов и ногайцев.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе «Курганак» добавили русский суффикс -ов, а затем — типичный для женского рода суффикс -а. Форма Курганакова — женская, мужской вариант — Курганаков. Суффикс -ак в тюркских языках часто придаёт уменьшительно-ласкательное или «сыновнее» значение: Курганак — это буквально «маленький курган» или «сын Кургана». То есть фамилия Курганаков по смыслу — «сын маленького Кургана» или «потомок Курганака». Это роднит её с такими фамилиями, как Курганов, Курганский, Курганчиков.

Регионально фамилия тяготеет к Башкортостану, Челябинской и Оренбургской областям, а также к северо-западному Казахстану. В исторических документах она встречается поздно — в основном с конца XIX века, когда у башкир и татар начали массово фиксировать фамилии. Сословно предки Курганаковых были, скорее всего, крестьянами или казаками, но точных данных об их принадлежности к дворянству нет. Встречаются Курганаковы и среди сибирских татар — там фамилия могла закрепиться от прозвища, данного человеку, жившему у заметного кургана.

Есть и менее вероятная версия, которую иногда выдвигают: связь с русским словом «курган» в значении «род землянки» или «шалаш» (диалектное). Но она слабая, поскольку прозвища по типу жилья в этой местности обычно давали от названий селений, а не от нарицательных слов. Поэтому тюркское имя-оберег остаётся основным объяснением. Фамилия редкая, её носители — в основном потомки тех, кто жил на стыке степных и лесных культур, где русская фамильная модель наложилась на тюркское имя.