Фамилия Курганецкий — довольно редкая и прозрачная по происхождению, если разобрать её по частям. В основе лежит слово «курган» — искусственный холм, древняя могильная насыпь, а в переносном смысле — любой заметный бугор или возвышенность. Суффикс «-ец» указывает на принадлежность к месту или на характерный признак: курганец — это человек, живущий у кургана, выходец с местности, где такие насыпи встречаются. Финальный суффикс «-ский» — типичный для фамилий, образованных от географических названий. Таким образом, Курганецкий — это «тот, кто из Курганца» или «житель местности, называемой Курганец».

Словообразовательная модель здесь нестандартная: двойной суффикс «-ец-ский» встречается реже, чем простые варианты вроде Курганов или Курганин. Это наводит на мысль, что фамилия возникла не от личного прозвища, а от названия конкретного населённого пункта — скорее всего, деревни или хутора с именем Курганец или Курганцы. Такие топонимы разбросаны по югу России, Украине и Белоруссии — там, где в степях действительно много курганов. Например, в Черкасской области Украины есть село Курганцы, а в Ростовской области — хутор Курганецкий. Фамилия могла закрепиться за переселенцами, которые переехали в другое место и стали называться по прежнему месту жительства.

Сословная принадлежность предков Курганецких, скорее всего, была крестьянской или казачьей. Суффикс «-ский» в русских фамилиях нередко ассоциируется с дворянством, но на южных окраинах, в казачьих областях, такой формант часто получали простые люди, особенно если фамилия образовывалась от названия хутора или станицы. Казаки Курганецкие могли служить в донских или кубанских полках — эти земли богаты курганами, и топонимы там встречаются часто.

Встречается и более редкая, альтернативная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Курганец, данного человеку за внешнее сходство — например, за высокий рост или крупное телосложение («как курган»). Но в этом случае логичнее ожидать фамилию Курганец без суффикса «-ский», поэтому топонимическое объяснение выглядит убедительнее. Фамилия Курганецкий не входит в число широко распространённых, её носители встречаются в основном в южных регионах России и на востоке Украины, что подтверждает её локальный, «степной» характер.