Фамилия Куркулёнь — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а прозвище, связанное с внешностью или повадкой. Корень здесь — «куркуль». В южнорусских и украинских говорах так называли зажиточного крестьянина, скопидома, который умел наживать добро, но при этом держался прижимисто и недоверчиво. Слово, скорее всего, происходит от тюркского «куркуль» — «смотри, береги», то есть прозвище давали человеку зоркому, хозяйственному, но не щедрому.

Суффикс -ёнь — нестандартный для русских фамилий. Обычно фамилии образуют с помощью -ов/-ев или -ин. Форма на -ёнь характерна для западнорусских и белорусских земель, где так оформляли прозвища в качестве фамилий: например, Бобрёнок превращался в Бобрёня, а Куркуль — в Куркулёня. Фактически это усечённая форма отчества: «сын Куркуля» — Куркулёнь. Ударение, вероятно, падает на последний слог, что тоже указывает на польско-белорусское влияние.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу России и востоку Украины — к Черниговской, Сумской, Брянской областям. Встречается она редко, поэтому конкретных исторических документов с ней мало. В XIX веке носитель такой фамилии мог быть либо сам куркулём — зажиточным хозяином, либо, наоборот, получить прозвище в насмешку от менее удачливых соседей.

Второй, менее вероятной версией считают связь с растением куркуль (в некоторых диалектах — заячья капуста или очиток). Но это объяснение слабее, так как прозвища по растениям обычно имеют суффиксы -ов или -ин, а не -ёнь. Поэтому основная гипотеза — прозвище по характеру и социальному положению, закрепившееся в западной диалектной зоне.