Фамилия Курнацкая — женская форма фамилии Курнацкий, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. Образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ск- (-цк-), который указывает на принадлежность к географическому объекту или местности. Чаще всего такие фамилии получали дворяне по названию своих поместий, но в более позднее время, в XIX–XX веках, их массово давали выходцам из сёл и городов, особенно на западе и юге Российской империи.

Основа фамилии — «Курнац» или топоним Курнацы. Скорее всего, предок носителя фамилии был родом из поселения с таким названием. На картах можно найти несколько таких мест: например, деревня Курнацы в Витебской области (современная Беларусь) или хутор Курнацкий в нынешней Ростовской области. В польском и белорусском языках слово «курна» могло означать «курица», а суффикс -ац (-ец) образовывал прозвища. Таким образом, Курнацкий — это либо «житель Курнацов», либо «тот, кто держит кур», либо человек, которого за какую-то черту прозвали Курнаком (например, за суетливость или сварливость, как у курицы).

Версия о прозвище Курнак не менее правдоподобна. В южнорусских говорах «курнак» — это не только курятник, но и прозвище неопрятного или бедного человека (от «курной» — избы, которая топится «по-черному», без трубы). В таком случае фамилия Курнацкий — это патроним, образованный от прозвища Курнак с помощью суффикса принадлежности -ск-: «сын Курнака». Вариант Курнацкая, соответственно, — жена или дочь Курнацкого.

Фамилия редкая и имеет ярко выраженную географическую привязку к западным регионам (Беларусь, Украина) и югу России. Встречается в основном среди потомков крестьян и мещан, так как дворянские роды с такой фамилией не зафиксированы в родословных книгах. Единственное, что можно сказать с уверенностью: корень связан с птицей или с типом жилья, а суффикс выдаёт человека, чьи предки жили на землях, где была распространена польская или белорусская традиция образования фамилий на -ский.