Фамилия Курныкина — женская форма фамилии Курныкин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русской традиции так образовывали фамилии от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а/-я. То есть исходное прозвище — Курныка.

Само прозвище Курныка звучит необычно, и его происхождение спорно. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «курныкать». В ряде говоров это значит «мурлыкать, напевать себе под нос» или «ворчать, бормотать». Прозвище могли дать человеку, который постоянно что-то тихо напевал или невнятно говорил. В этом случае Курныка — характеристика по манере речи или поведения.

Менее убедительная версия выводит прозвище из тюркских языков, где «кур» может означать «пояс» или «глухой». Однако для фамилии Курныкина такая связь слабая: суффикс -ык в тюркских заимствованиях в русских фамилиях встречается, но обычно в более очевидных случаях (например, от «курык» — «загон»). Прямых данных, что Курныка — тюркское слово, нет, поэтому версия с «напевающим» выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Курныкина редкая. Основные очаги — Поволжье и центральные области России, где диалектная лексика сохранялась дольше. Встречается она и у старообрядческих семей, но это скорее совпадение, а не правило.

С точки зрения словообразовательной модели, Курныкин — типичная «отпрозвищная» фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда такие формы стали массово закрепляться за крестьянами и посадскими людьми. Дворянской эта фамилия не была: в родословных книгах она не фиксируется, что подтверждает её простонародное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Курныкин стоит в одном ряду с Курносовым, Курносым — но там основа другая (коротконосый). А вот Курныкин ближе к фамилиям вроде Мурлыкин или Бормотин, которые тоже образованы от звукоподражательных глаголов. Так что, скорее всего, предок носителя фамилии был человеком тихим, немногословным или, наоборот, любителем напевать — в зависимости от того, какое значение «курныкать» было в ходу в его местности.