Фамилию Курныковы не стоит путать с более распространённой Курниковы — это разные основы. В основе лежит не «курник» (пирог или курятник), а прозвище Курнык. В русских говорах «курнык» — человек маленького роста, коротышка, а в рязанских и тамбовских диалектах так называли того, кто ходит в короткой, куцей одежде. Слово образовано от «курносый» или «кургузый», но через характерный для народной речи суффикс -ык (как в прозвищах Толстык, Молодык). Фамилия оформлена типичным патронимическим суффиксом -ов, то есть Курныков — сын Курныка.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям: Курская, Воронежская, Тамбовская губернии. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские с прозвищем Курнык, но фамилия закрепилась позже, в XVIII веке, когда бывшие прозвища стали наследственными. Второй, менее вероятный вариант происхождения — от тюркского имени Курнык (от «кур» — глухой, слепой), но он слабо подтверждается в русской ономастике.

Сословно Курныковы — почти всегда крестьяне или однодворцы. Дворянских родов с этой фамилией в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» нет. В XIX веке фамилия нередко писалась через «о» — Корныков, что связано с акающим произношением, но в современных справочниках закрепился вариант с «у». Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Курнык было скорее обидным, и его старались не передавать детям, но в отдельных локальных гнёздах оно всё же устоялось.