Фамилия Кушков не слишком распространена, но её происхождение можно проследить по двум основным версиям, и обе они ведут к прозвищу Кушка. Самая прямая версия — географическая. Кушка — это название города в Туркмении (ныне город Серхетабад), а также исторической крепости на границе Российской империи. Слово происходит из иранских языков, где «кешк» или «кушк» означает «небольшая крепость» или «башня». Если предок получил прозвище Кушка как уроженец этого города или региона, то его потомки закономерно стали Кушковыми.

Однако есть и более бытовая, прозаическая версия. В словаре Владимира Даля встречается слово «кушка» — это «бурачек с водою и с бруском», то есть точило для косы, которое носили с собой косари. Там же есть помета, что слово бытовало именно в среде косарей. Таким образом, прозвище Кушка могло закрепиться за человеком по роду занятий — за косарём или точильщиком инструмента. Эта версия не менее правдоподобна, чем топонимическая, и даже более типична для крестьянской среды, где фамилии чаще образовывались от ремесла, чем от названия далёкого города.

В любом случае, в основе фамилии лежит прозвище Кушка, к которому добавился типичный русский патронимический суффикс -ов. Модель образования проста: «чей?» — Кушков, то есть сын или потомок Кушки. Такие фамилии на -ов были самыми массовыми и принадлежали, как правило, крестьянам, мещанам и служилым людям, а не дворянству (у знати были распространены фамилии на -ский).

Что касается написания: в некоторых говорах фамилия могла произноситься и писаться как «Кушков» или «Кушков», но современная орфография закрепила форму с ударением на первый слог. Спорных версий здесь немного — обе гипотезы (топонимическая и профессиональная) имеют под собой реальную лексическую основу, и обе не противоречат друг другу: в разных ветвях рода прозвище могло возникнуть независимо.