Фамилия Кушкова образована от прозвища Кушко. В основе лежит слово «кушка» — так, по словарю Даля, называли бурачок с водой и бруском, который использовали косцы. Прозвище Кушка, скорее всего, относилось к профессиональным именованиям: его мог получить человек, который точил косы или носил воду для косаря. Фамилия закрепилась за потомками в форме Кушковы (через суффикс -ов, указывающий на принадлежность роду).

Менее правдоподобная версия связывает фамилию с топонимом Кушка — городом в Туркмении. Название города имеет иранские корни («кешк», «кушк» — небольшая крепость, башня). Если принять эту гипотезу, основатель рода мог быть выходцем из тех мест. Однако для русской фамильной модели более естественно происхождение от прозвища по ремеслу или бытовой детали, чем от далёкого географического названия.

Фамилия Кушкова хранит память о занятии предка — скорее всего, он был косцом или имел отношение к заточке инструмента. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Кушков, то есть сын или потомок Кушка. В женском роде фамилия закрепилась как Кушкова.