Фамилия Кушковы образована от прозвища или мирского имени Кушка. В её основе лежит минимум две версии, и обе по-своему убедительны.

Первая версия — географическая. Она связывает прозвище Кушка с названием города Кушка в Туркмении (ныне Серхетабад). Если предок был выходцем оттуда или имел к этим местам иное отношение, земляки могли прозвать его Кушкой. Само слово «Кушка» восходит к иранским языкам, где «кешк» или «кушк» означает «небольшая крепость, башня» — название отражало характер местности.

Вторая версия — прозвище по занятию. В словаре Даля зафиксировано слово «кушка» — «бурачек с водою и с бруском». Даль делает помету, что слово это бытовало в среде косарей. Так что Кушкой могли называть косаря, то есть человека, который носил с собой точильный брусок и воду для точки косы. Прозвище, данное по орудию труда или характерной детали ремесла, — распространённая модель в русской антропонимии.

Фамилия оформлена по стандартной модели: к основе Кушк- добавили суффикс -ов. Такие фамилии на -ов типичны для большинства сословий, в отличие от дворянских на -ский. Поэтому Кушковы — не обязательно знатный род, а скорее крестьянская или посадская семья.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно: процесс закрепления прозвищ в фамилии шёл несколько столетий. Однако ясно, что перед нами не случайное сочетание звуков, а след, оставленный либо дальней дорогой предка, либо его повседневным трудом.