Фамилия Куштименко — украинская по форме, и это сразу видно по суффиксу -енко. В XVII–XIX веках в Поднепровье и Слобожанщине этот суффикс был главным маркером «чьих ты будешь»: Куштименко — потомок человека по прозвищу или имени Куштима. То есть перед нами типичная патронимическая фамилия, образованная от прозвища, которое, скорее всего, имело тюркские корни.

Самая правдоподобная версия: основа Кушти- восходит к тюркскому kuş или kuşçu — «птица» или «птицелов». В южнорусских и украинских говорах такое прозвище мог получить человек, занимавшийся ловлей птиц, соколиной охотой или просто имевший отношение к пернатым. В пользу этой версии говорит и то, что на юге Украины и в Крыму, где контакт с тюркскими языками был сильным, встречаются схожие фамилии: Куштир, Куштинов, Куштиль. Форма Куштименко — это уже чисто славянская огласовка и «одомашнивание» тюркского корня с помощью украинского суффикса.

Менее вероятно, что в основе лежит греческое слово κουστής (koustís) — «стражник» или «надзиратель», но для украинской фамилии с суффиксом -енко такой путь маловероятен: греческие заимствования обычно давали фамилии на -опуло, -иди, а не на -енко. Так что тюркская версия остаётся основной.

Географически фамилия Куштименко — редкая. Если верить открытым данным, её носители сосредоточены в основном в центральной и восточной Украине (Полтавская, Харьковская, Днепропетровская области), что совпадает с ареалом массового распространения фамилий на -енко. В России она встречается единично, чаще всего среди потомков переселенцев с Украины.

В словарях украинских фамилий (например, в работах Ю. Редько) Куштименко не фигурирует как широко известная, что подтверждает её локальный характер. Это не фамилия казацкой старшины или духовенства — скорее, прозвище сельского жителя, ремесленника или охотника, которое закрепилось за его детьми. Никаких громких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, и это нормально: большинство фамилий на -енко как раз и были фамилиями простых людей.