Фамилия Куштуев — редкий случай, когда основа настолько неочевидна, что приходится рассматривать несколько версий, ни одна из которых не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение ведет в тюркские языки, где слово «кушту» или близкие к нему формы могли означать «птичий», «соколиный» или быть связаны с охотничьим промыслом. В таком случае прозвище Куштуй давали человеку, который либо держал ловчих птиц, либо славился зорким глазом и быстрым натиском — качествами, ценившимися у степных народов. Модель образования проста: к основе на -уй присоединили русский патронимический суффикс -ев, что характерно для фамилий, возникших на стыке культур, в среде крещеных татар, башкир или других тюркоязычных групп.

Менее распространенная, но тоже возможная версия выводит Куштуева из диалектного глагола «куштукать» — в некоторых говорах это означало шептать, нашептывать, заговаривать. Тогда прозвище могло закрепиться за знахарем, ворожеем или просто тихим, неразговорчивым человеком. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, глагол редкий и локальный, во-вторых, фамилии от него почти не встречаются в документах, тогда как тюркская основа дает больше исторических параллелей.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где столетиями жили бок о бок русские и тюркские народы. Встречаемость низкая, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник был выходцем из конкретной деревни или слободы, где его прозвище стало родовым. Суффикс -ев, а не -ин, указывает, что основа оканчивалась на согласный или й (в данном случае на -уй), и это типично для адаптации нерусских имен в русскую фамильную систему.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Куштуев стоит в одном ряду с Куштаевым, Куштановым — все они, вероятно, восходят к одному корню «куш-» (птица, сокол) в разных диалектных формах. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении нет: это фамилия крестьянская или мещанская, без герба и громкой истории, но с живым, почти забытым значением, которое еще можно реконструировать.