Фамилия Кустакова — женская форма фамилии Кустаков. В основе лежит прозвище или мирское имя Кустак, образованное от слова «куст». В русских говорах «кустак» могло означать не только куст, но и невысокого, коренастого человека, а также того, кто живет в лесистой, кустарниковой местности. Модель образования простая: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кустаков — сын Кустака.

Интересная особенность этой фамилии — её относительная редкость и возможная связь с прозвищами, а не с профессиональной деятельностью. В отличие от фамилий, образованных от ремесла (Кузнецов, Плотников), Кустаков не указывает на занятие предка напрямую. Однако существует и другая версия: в некоторых диалектах «кустак» называли человека, занимающегося кустарным промыслом, то есть ремесленника-надомника. Эта гипотеза менее вероятна, так как слово «кустарь» в значении «ремесленник» закрепилось в литературном языке позже, а прозвище Кустак могло возникнуть раньше и независимо от него.

По данным ономастов, фамилия Кустаков встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, что косвенно подтверждает связь с лесной, болотистой местностью, где кустарник — типичный ландшафт. Географически она не привязана к одному уезду, но относительно чаще фиксируется в бывших Владимирской и Костромской губерниях.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кустаков стоит в одном ряду с Кустовым и Кустарёвым. Кустов — самая распространенная форма, от прямого значения «куст». Кустаков — вариант с суффиксом -ак, который в русских прозвищах часто придавал оттенок характерности или уменьшительности (ср. Каблук — Каблуков, Пятак — Пятаков). Кустарёв — уже очевидная отсылка к ремеслу, но эта фамилия встречается реже.

Таким образом, предок современной Кустаковой с высокой долей вероятности получил прозвище по месту жительства («живущий у кустов») или по внешности («кустистый», то есть плотный, коренастый). Ремесленная версия возможна, но менее обоснована исторически.