Фамилия Кустков образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — от прозвища или имени через суффикс принадлежности -ов. Основа здесь — «Кусток», уменьшительная форма от слова «куст». В русских говорах «кусток» нередко означало не просто маленький куст, а густой, низкорослый кустарник, иногда — заросли. Человек мог получить такое прозвище за невысокий рост, коренастое телосложение или, наоборот, за привычку прятаться, держаться в тени, «как в кустах». Встречается и другая, бытовая версия: «кустком» в некоторых регионах называли крестьянское объединение, артель или несколько дворов, связанных общим хозяйством. Тогда прозвище могло указывать на принадлежность к такой общине или на человека, который жил на отшибе, отдельным «кустом».

С точки зрения словообразования фамилия Кустков — типичный пример отчества второго порядка. Сначала от прозвища Кусток образовали отчество Кустков, которое затем закрепилось как фамилия. Суффикс -ов указывает на прямое родство: «чей?» — Кустков, то есть сын Кустка. Такая модель была особенно продуктивна в центральных и северных губерниях России среди крестьян и посадских людей. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что косвенно подтверждает её простонародное происхождение.

Географически фамилия Кустков встречается не слишком часто, но имеет заметные очаги в Поволжье и на Урале. В архивных записях XVIII–XIX веков Кустковы упоминаются среди государственных крестьян Саратовской и Вятской губерний, а также в Пермской губернии, где было развито горнозаводское население. Интересно, что в некоторых переписях фамилия писалась через «а» — Кастков, что могло быть следствием акающего произношения или ошибки писаря.

Родственными фамилиями можно считать Кустов, Кустарев, Кустиков. Все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами: -ов, -арев, -ик. Кустков стоит в этом ряду особняком из-за редкой уменьшительной формы «кусток», которая почти вышла из употребления в современном языке, но сохранилась в фамильном наследии. Это делает фамилию не просто указанием на растение, а живой меткой диалектного слова, ушедшего из бытовой речи.