Фамилия Кустодынчева — настолько редкий случай, что её происхождение приходится собирать по крупицам, и здесь интереснее всего суффикс. Основа «Кустодын-» явно нестандартная, а окончание «-ева» указывает на женскую форму. Мужской вариант — Кустодынчев.

Первое, что бросается в глаза: суффикс «-ын-», а не привычное «-ов-». В русских фамилиях «-ын» чаще всего присоединяли к основам, оканчивающимся на «-а» или «-я» (например, Пушкин — от Пушка). Но здесь основа заканчивается на твёрдый согласный «н», что для «-ын» нетипично. Это может говорить о севернорусском или диалектном происхождении: в говорах Вологодчины, Архангельской области «-ын» нередко вытеснял «-ов». Либо фамилия — результат искажения при записи: писарь мог записать на слух «Кустодынчев» вместо более логичного «Кустодынов» или «Кустодынин».

Корень «Кустодын-» — тёмный. Скорее всего, это не календарное имя, а прозвище или местное слово. Можно предположить связь с диалектным «кустод» или «кустода» — в некоторых говорах так называли густой кустарник, заросли. В этом случае прозвище Кустодын (или Кустодыня) мог получить человек, живший в глухой, заросшей местности. Вторая версия — искажённое «кустодий», от греческого «кустодия» (стража, охрана), но это слово в русских говорах почти не встречается, а фамилии от него образовывались бы через «Кустодиев».

Поскольку фамилия единичная, её география не прослеживается. Скорее всего, она возникла в одной семье и не разошлась широко. Социальный контекст: суффикс «-ев» (в мужской форме «-ев») типичен для крестьянских и мещанских фамилий центральной и северной России, так что предки Кустодынчевых, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми.

Однокоренных фамилий практически нет. Можно вспомнить редкую фамилию Кустодымов, но её корень — от имени Кустодий. Кустодынчев стоит особняком: если это не описка, то перед нами уникальный случай, когда прозвище закрепилось в форме с диалектным суффиксом, не попав под стандартизацию XIX века.