Фамилия Кустодов — одна из тех, где ясна основа, но неочевиден исходный смысл. Корень здесь — «куст», но прозвище Кустод могло появиться не из-за растения. В русских говорах «кустом» называли не только кустарник, но и скученное, густое скопление чего-либо, а также человека приземистого, плотного, «коренастого» — как куст. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «куст» в значении «кучка людей», «ватага»: прозвище могли дать главе большой семьи или артели.

Модель образования типична для русских фамилий XIX века: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Кустодов — сын или потомок Кустода. Форма с окончанием -ов, а не -ин, подсказывает, что основа — мужское прозвище или нецерковное имя, а не слово, оканчивающееся на -а/-я. Это отличает фамилию от возможных параллелей вроде Кустиков или Кустов.

Интересная деталь: в ономастических справочниках фамилия Кустодов встречается редко и не имеет массового распространения. Это не «географическая» фамилия, привязанная к одному региону, а скорее единичная, возникшая в конкретной семье. В отличие от массовых Кустовых или Кустиковых, которые могли появиться от названия деревни Кустово или от прозвища по месту жительства, Кустодов указывает на конкретного человека по прозвищу Кустод. Такой тип фамилий чаще встречался в среде крестьян и мещан, где прозвища давали по внешности или характеру, а не по профессии.

Сравните с однокоренной фамилией Кустов: она образована напрямую от слова «куст» без дополнительного суффикса прозвища. Кустодов же содержит этот «лишний» элемент -од-, который в русском языке мог быть остатком старого суффикса или просто частью прозвища. В любом случае, носитель фамилии Кустодов может быть уверен: его предок был человеком, которого окружающие прозвали Кустодом — скорее всего, за крепкое телосложение или за то, что он «держался кустом», то есть жил обособленно, но плотно.