Фамилия Кустомаров — одна из тех, где основа ясна, а точное значение ускользает из-за редкости исходного слова. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ов, который указывает на принадлежность: Кустомаров буквально значит «сын Кустомáра» или «человек из рода Кустомáров». Формант типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, и здесь он работает без сюрпризов.

Основной вопрос — что такое «Кустомар». В русских говорах слово «кустомара» не зафиксировано в словарях литературного языка, но ономасты связывают его с диалектным глаголом «кустомарить» — то есть делать что-то неумело, кое-как, халтурить. В этом случае прозвище Кустомар получал нерадивый работник или ремесленник, который портил дело. Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в региональных записях, — от слова «куст» и суффикса -ар, означающего человека, связанного с кустарником: например, того, кто живёт в лесной чаще или занимается заготовкой хвороста. Однако глагольная основа выглядит убедительнее, поскольку в русской антропонимии прозвища от глаголов с суффиксом -ар (ср. Маляр, Пахарь, Токарь) давали фамилии с отчествами на -ов.

Географически фамилия редкая и тяготеет к южнорусским областям — Курской, Орловской, Воронежской. В XIX веке Кустомаровы встречались среди крестьян и однодворцев, что косвенно подтверждает бытовое, а не книжное происхождение прозвища. В отличие от фамилии Костомаров (от «костомара» — большой кость, костистый человек), Кустомаров не имеет прямых параллелей в украинской или белорусской ономастике, что делает её более узко локальной.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кустов, Кустарёв, Кустиков — показывает, что Кустомаров стоит особняком из-за редкой модели на -ар. Если Кустов образован прямо от «куст», а Кустарёв — от «кустарь» (ремесленник), то Кустомаров сохранил в основе именно прозвищный глагол, который в современном языке почти исчез. Поэтому носитель фамилии может с высокой долей вероятности считать, что его предка в быту называли за манеру работать небрежно или, наоборот, в шутку — за любовь к кустарникам. Точная версия без письменных источников XVII века останется предположением, но глагольное происхождение — самое обоснованное.