Фамилия Кустос — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано с кустом, хотя первая ассоциация именно такая. В русском языке слово «кустос» не встречается, а вот в латыни — это «custos», то есть «страж», «хранитель», «надзиратель». Скорее всего, фамилия имеет западное или южнославянское происхождение и восходит к этой латинской основе.

Модель образования проста: фамилия не получила русского суффикса -ов или -ин, а осталась в «чистом» виде — как прозвище или профессия, закрепившаяся за родом. В Польше, Чехии, Словакии, а также в западноукраинских землях, где было сильно католическое влияние, слово «kustosz» означало церковного сторожа, ризничего или хранителя мощей. Человек, носивший фамилию Кустос, мог быть именно таким служителем при костёле или монастыре.

Версия о происхождении от греческого «κύστις» (пузырь, мешок) маловероятна — она не объясняет ни географию бытования фамилии, ни её смысловую нагрузку. Куда правдоподобнее, что предок носителя фамилии отвечал за сохранность чего-то ценного: церковной утвари, книг или даже городских ворот.

В России фамилия встречается редко, чаще у потомков поляков, белорусов или украинцев, переселившихся в центральные губернии. Встречаются варианты написания с одной «с» (Кустос) и с двумя (Кустоос), но последний — скорее опечатка или поздняя адаптация. Социальный контекст ясен: это не дворянская фамилия, а прозвание человека по должности, которая требовала доверия и ответственности.