Фамилия Кутдусова — женская форма фамилии Кутдусов. Её основа восходит к мусульманскому имени Кутдус, которое в свою очередь происходит от арабского «куддус» (قدوس) — «святой», «пречистый». В исламской традиции аль-Куддус — один из эпитетов Аллаха, означающий «Святой» или «Совершенный». Таким образом, имя Кутдус носило ярко выраженный религиозный оттенок: его могли дать мальчику в семье глубоко верующих людей, желая подчеркнуть благочестие и чистоту.

Географически фамилия Кутдусова наиболее характерна для татарской и башкирской среды, а также встречается у представителей других тюркских народов Поволжья и Урала, например, у чувашей. В русских источниках фамилия фиксируется с конца XIX — начала XX века, когда у народов, исповедующих ислам, начался процесс массовой фиксации наследственных фамилий. До этого Кутдус, скорее всего, было личным именем, которое затем перешло в фамилию по обычной модели: имя отца (Кутдус) плюс русский суффикс принадлежности -ов/-ев (Кутдусов), а для женщин — Кутдусова.

Суффикс -ов в этой фамилии не указывает на славянское происхождение, а является результатом адаптации нерусского имени к русской фамильной системе, которая была обязательной для всех подданных Российской империи при переписях и в делопроизводстве. Интересно, что в отличие от многих русских фамилий на -ов, образованных от мирских прозвищ, Кутдусова — это фамилия, напрямую связанная с сакральным именем, что делает её редкой по семантике даже среди тюркских фамилий, где чаще встречаются имена-обереги или названия профессий.

Встречаются варианты написания с одной буквой «с» — Кутдусова, что связано с особенностями произношения в тюркских языках, где долгота звука не всегда передаётся на письме. Однокоренные фамилии — Кутдусов, Кутдусин, Кутдусовский (последняя — редкая, могла возникнуть у крещёных татар или в среде мусульман, принявших православие).