Фамилия Кутрынин довольно редкая, и её происхождение можно реконструировать по словообразовательной модели и возможным диалектным основам. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или неканоническое имя Кутрыня, которое образовано с помощью суффикса -ын- (вариант -ин- после твёрдых согласных, но здесь он смягчённый). Суффикс -ыня в древнерусских прозвищах часто придавал слову оттенок ласкательности или, наоборот, уничижительности, а также мог указывать на характерный признак человека.

Само слово «кутрыня» или «кутра» в русских говорах имеет несколько значений. В псковских и тверских диалектах «кутра» — это беспорядок, сумятица, а также лохматый, взлохмаченный человек. В других областях «кутрыть» означало «хитрить, лукавить, мудрить». Таким образом, Кутрыней могли прозвать либо неопрятного, растрёпанного человека, либо того, кто любил мудрить и обманывать. Второе значение встречается чаще, поэтому основная версия — прозвище хитрого или изворотливого человека.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «кутра» (короткая крестьянская одежда, род куртки или кафтана). В этом случае прозвище могло относиться к портному или человеку, носившему такую одежду. Однако такая трактовка уступает первой по распространённости в ономастике.

Фамилии на -ынин (Кутрынин, Кутрыгин, Кутырин) характерны для северных и центральных областей России, где были продуктивны прозвищные модели с суффиксом -ыня. Встречаются однокоренные фамилии — Кутров, Кутря, Кутряков, что подтверждает существование корня «кутр-» в русской антропонимии. Социальный статус предка, носившего фамилию Кутрынин, скорее всего, был крестьянским или мещанским: прозвища, а не крестильные имена, чаще становились основами таких фамилий в непривилегированных сословиях.