Фамилия Кузьмишкопунков — редкий случай, когда в одной основе соединились имя, отчество и прозвище. Если разобрать её по частям, сразу становится ясно: перед нами не простая патронимическая фамилия, а сложносоставная, образованная от полного именования человека — Кузьмишко Пунков.

Первая часть — Кузьмишко. Это уменьшительно-уничижительная форма от имени Кузьма (каноническое Косма). Суффикс -ишк- в русских фамилиях и прозвищах XVII–XVIII веков часто имел не столько пренебрежительный, сколько бытовой, «домашний» оттенок: так называли младших членов семьи или людей невысокого социального статуса. Кузьмишко — это, по сути, «маленький Кузьма» или «Кузьма, сын такого-то». Вторая часть — Пунков — отчество или фамильное прозвище отца. Основа Пун- восходит либо к диалектному «пунька» (небольшой амбар, клеть), либо к глаголу «пунить» (надуваться, чваниться). В первом случае предок Пунок мог быть крестьянином, жившим при амбаре или сторожившим зерно. Во втором — человеком с заметным, «надутым» характером.

Таким образом, Кузьмишкопунков буквально означает «потомок Кузьмишки, сына Пунка». Фамилия сложилась, когда в официальных документах (ревизских сказках, метриках) записали полное трёхчленное именование крестьянина: имя, отчество и фамилию отца — и превратили всё это в одну фамилию для его детей. Подобные «сцепленные» фамилии встречаются в основном на Русском Севере, в Поморье и в бывших новгородских землях, где долго сохранялась традиция называть человека по деду и отцу сразу.

Географически фамилия тяготеет к Архангельской и Вологодской областям: именно там в переписях XVII–XVIII веков фиксировались Кузьмишки и Пунковы. Поскольку фамилия крайне редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной небольшой крестьянской общины, где все друг друга знали по прозвищам, а при паспортизации в XIX веке закрепили за семьёй именно этот громоздкий вариант. Сословно — почти наверняка государственные или монастырские крестьяне, не дворяне.

Интересно, что фамилия не поддаётся сокращению: попытки отбросить «Кузьмишко-» и оставить просто Пунков — это уже другая фамилия, а усечение до Кузьмишков — потеряет указание на отца. Поэтому Кузьмишкопунков — не ошибка писаря, а реликт старой русской антропонимической системы, где фамилия могла быть равна полному имени предка.