Фамилия Кваченкова — женская форма, а мужская, Кваченков, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени через суффикс -ов. Основа здесь — Кваченок, Кваченко или напрямую Квач. Чтобы понять корень, заглянем в старые русские говоры. «Квач» или «квач» — это малярная кисть, сделанная из тряпки, пучка мочала или пеньки, которой белили печи, мазали хаты или наносили дёготь. В переносном смысле так могли прозвать неаккуратного человека, пачкулю, или, наоборот, маляра по ремеслу.

Суффикс -енок/-онок (в основе Кваченок) типичен для восточнославянских фамилий и указывает на «младшего»: сына Квача. То есть Кваченков — буквально «сын Квачонка», внук или потомок человека по прозвищу Квач. Фамилии с этим суффиксом особенно характерны для северных и центральных областей России, а также для Беларуси и Украины. Встречаются варианты написания: Кваченков и реже Квачонков, что связано с диалектным произношением и записью в документах.

Иная, менее вероятная версия отсылает к глаголу «квасить» — киснуть, бродить. В этом случае Кваченок могло быть прозвищем любителя кваса или человека, который занимался квашением капусты, солений. Но связь с малярным делом и тряпичной кистью выглядит более прямой и подтверждается обилием однокоренных фамилий: Квач, Квачев, Квачкин, Квашнин. Кваченковы, скорее всего, происходят из семей ремесленников-маляров или крестьян, получивших прозвище за внешний вид или привычку.

Географически фамилия встречается не слишком широко, но имеет очаги в Вологодской, Архангельской областях и на юге России, куда переселенцы принесли северные говоры. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Кваченковых в переписных книгах, но массового дворянского рода с такой фамилией не было — это фамилия простого сословия, что и отражает её бытовое, ремесленное происхождение.