Фамилия Квачиненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой в этой традиции. Суффикс -енко (в русской передаче часто -енко без изменений) исторически означал «сын», «потомок» или «маленький», то есть Квачиненко — буквально «сын Квачины». Основа здесь — прозвище или фамилия Квачина, от которой и пошёл род.

Сам корень «квач» в украинском и южнорусских говорах — не редкость. Квач — это не только малярная кисть, но и прозвище человека, который пачкается, мажет, или, в переносном смысле, неаккуратного, неряшливого работника. В некоторых диалектах «квач» означает и тряпку, ветошку, которой что-то вытирают. Соответственно, Квачина — это человек, получивший такое прозвище: либо маляр по ремеслу, либо кто-то с неопрятной внешностью или манерой поведения. В русских фамилиях этот же корень дал Квачов, Квачкин, а в украинских — Квач, Кваченко.

Если смотреть на географию, фамилия Квачиненко почти наверняка родом из центральной или восточной Украины — зоны наибольшей активности модели на -енко. В дореволюционных записях её можно встретить в Полтавской, Харьковской, Черниговской губерниях. Интересная деталь: в отличие от фамилий на -енко, которые часто застывали в одной форме, Квачиненко могло возникнуть как «вторая ступень» — от уже готовой фамилии Квачина, что указывает на более позднее формирование, возможно, в XVIII–XIX веках, когда суффикс -енко стал присоединяться не только к именам, но и к другим фамилиям.

Версия о происхождении от польского «kwacz» (кисть) или от тюркского корня маловероятна — слишком прочно слово «квач» сидит в украинской бытовой лексике. Так что, скорее всего, предок носителя этой фамилии был либо маляром, либо человеком, за которым закрепилось шутливое или нелестное прозвище, связанное с грязью или краской.