Фамилия Кваченков образована от прозвища или нецерковного имени Квач. В русских говорах «квач» — это не только малярная кисть или тряпка для смазывания сковороды, но и человек, который пачкается или делает что-то небрежно, «тяп-ляп». В переносном смысле так могли прозвать неопрятного, неаккуратного человека или, наоборот, того, кто занимался малярным делом — красил стены, крыши. Слово «квач» имеет ту же основу, что и глагол «квасить» (в значении «мочить, замачивать»), поэтому прозвище могло относиться к человеку, постоянно возящемуся с чем-то мокрым, жидким.

Суффикс -енков указывает на происхождение из южнорусских или украинских земель. В отличие от центральнорусской модели -ов, фамилии на -енков (и -енко) характерны для территорий, где долгое время бытовала малороссийская традиция: Курская, Воронежская, Белгородская области, а также бывшие слобожанские земли. Кваченков — буквально «сын Квача» или «потомок Квача». Судя по окончанию, фамилия закрепилась в письменной форме уже после того, как носители переселились в великорусские регионы, где окончание -енко переделали на -енков.

Интересно, что однокоренные фамилии Квач, Квачев, Квачкин, Квашнин — все от одного корня, но с разными суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных местностях. Кваченков — одна из самых редких форм, и её носители почти наверняка происходят из одного компактного гнезда, где фамилия передавалась без искажений. Встретить Кваченкова за пределами черноземной полосы России — большая редкость, что делает эту фамилию своеобразным маркером конкретного региона.