Фамилия Квакуха звучит необычно, и это сразу подсказывает её происхождение: перед нами прозвище, а не фамилия, образованная от церковного имени. Суффикс -уха характерен для восточнославянских прозвищ, часто с оттенком грубоватости или иронии. Он указывает на яркую, бросающуюся в глаза черту человека — в данном случае на манеру речи или голос.

Основа «квак-» звукоподражательная. Прозвище Квакуха могли дать человеку с хриплым, сиплым или «квакающим» голосом. Не обязательно это было оскорблением: в деревнях прозвища часто закреплялись за людьми по самой заметной внешней или поведенческой черте, и со временем теряли обидный оттенок. Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным глаголом «квакать» в значении «много и попусту болтать».

Модель образования фамилии — типичная для украинских и южнорусских земель, где суффикс -уха продуктивен (сравните: Болтуха, Крикуха). В русском ономастиконе фамилии на -уха встречаются реже, чем на -ов или -ин, и чаще остаются без изменяемого окончания, как и в случае с Квакухой. Это не склоняемая фамилия, что тоже указывает на её прозвищное, а не патронимическое происхождение.

Анализ по словарю Б. Унбегауна показывает, что фамилии на -уха относятся к разряду «именований по признаку» и почти не фиксировались в дворянских родословных. Предки современных Квакух — скорее всего, крестьяне или казаки, жившие на территории современной Украины, Черноземья или Кубани. Фамилия редкая и не имеет известных «громких» носителей, что делает её ценным маркером локальной семейной истории.