Фамилия Квилинков образована, скорее всего, от прозвища Квилинко, которое восходит к украинскому слову «квилиння», что означает «жалобно стонать, плакать, тихонько пищать; выдавать жалобную мелодию». Согласно этому, можно предположить, что Квилинко прозвали либо печального, грустного человека, либо музыканта. Также возможно, что прозвище Квилинко происходит от диалектного глагола «квелить», который означает «дразнить, сердить, не давать покоя». В этом случае прозвище Квилинко мог получить задира, озорник. Так и прозвище Квилинко закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Квилинков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Квилинко, со временем получил фамилию Квилинков.