Фамилия Квилинкова хранит память о прозвище дальнего предка. В её основе лежит, скорее всего, украинское прозвище Квилинко, которое имеет два возможных толкования.

Первое значение связано со словом «квилиння» — жалобно стонать, плакать, тихонько пищать или выдавать жалобную мелодию. Отсюда прозвище могли дать либо печальному, грустному человеку, либо музыканту, игравшему протяжные, заунывные напевы. Второе значение восходит к диалектному глаголу «квелить» — дразнить, сердить, не давать покоя. Тогда Квилинком называли задиру и озорника.

Прозвище Квилинко закрепилось как основное именование человека, а со временем дало начало фамилии Квилинков. В русской традиции к основе на -о добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Квилинка». Женская форма Квилинкова — это вариант той же фамилии, передающейся по женской линии.

Словообразовательная модель здесь классическая для южнорусских и украинских фамилий: прозвище на -ко, русифицированное окончанием -ов. Фамилия редкая, сконцентрирована в регионах, граничащих с Украиной, — в Курской, Белгородской, Воронежской областях. Носитель фамилии может по праву гордиться ею как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении человека.