Фамилия Лабалина образована от мужского прозвища Лабала. В её основе лежит глагол «лабать» — в просторечии «играть на музыкальном инструменте», а также «стучать, колотить». Прозвище Лабала могли дать человеку, который постоянно что-то мастерил, стучал молотком, работал с деревом, либо музыканту-самоучке, бренчавшему на балалайке или гармони. Вторая версия — связь с диалектным словом «лабза» (юг России, Украина), означающим «ленивый, нерасторопный человек». Тогда Лабала — прозвище медлительного или вялого человека.

Суффикс -ин в фамилии Лабалина указывает на принадлежность: «сын Лабалы». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральных и северных областях, фамилии на -ин более характерны для юга России, Поволжья и частично Сибири. Лабалина — одна из тех фамилий, где географическая привязка прослеживается слабо: она встречается в разных регионах, но нигде не образует плотных гнёзд.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Лабала не было широко распространено. В дореволюционных источниках оно фиксируется эпизодически — например, в документах по Воронежской губернии XIX века встречается крестьянин Лабала. Однокоренные фамилии — Лабанов, Лабашев — тоже редки и, скорее всего, восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Словарь Б. Унбегауна «Русские фамилии» не выделяет Лабалину как типовую модель, что подтверждает её нетипичность.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — её носители, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами. Прозвище Лабала не несёт положительной или отрицательной окраски: оно просто описывало занятие или характер человека. Сегодня Лабалина — редкая фамилия, и её носители могут с уверенностью считать своих предков людьми, получившими имя за дело, будь то стук молотка или звуки гармони.