Фамилия Лобалина — женская форма, а её носительницы в прошлом почти наверняка были крестьянками или мещанками. Мужской вариант — Лобалин. Это типичная «патронимическая» фамилия, образованная с помощью суффикса -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — лобалин, то есть сын или дочь Лобали. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Лобаля.

Корень здесь — «лоб». В русских говорах слово «лоб» имело не только прямое значение, но и переносные: так могли прозвать человека с большим, выпуклым лбом, упрямого («лоб» — синоним упрямства) или, наоборот, хитрого и наглого (от «лоб» в значении «наглец»). Форма Лобаля — это уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный вариант, характерный для северных и центральных областей России, где суффикс -яля (-аля) активно использовался в бытовых прозвищах. Сравните: Лоб — Лобаля, как Губа — Губаля, Нос — Носаля.

В ономастических словарях, например у Б. Унбегауна, модель на -ин считается одной из самых распространённых для фамилий, произошедших от прозвищ. Однако фамилия Лобалин встречается редко — это не массовая «лобовская» или «лобановская» форма. Редкость суффикса -аля в основе делает фамилию ценной для историков языка: она сохранила живую диалектную черту, которая почти исчезла в литературном русском.

Географически фамилия Лобалина скорее всего привязана к северо-западу России — Новгородской, Псковской или Вологодской губерниям, где активно бытовали прозвища с суффиксом -аля. Там предки нынешних Лобалиных могли быть крестьянами, получившими прозвище за характерную внешность или нрав, и это прозвище закрепилось за родом как фамильное имя. Других версий происхождения — от тюркских корней или географических названий — для этой фамилии нет, этимология прозрачна и лежит в русской диалектной лексике.