Фамилия Лабунцов — одна из тех, чья основа вызывает споры. Самая вероятная версия связывает её с диалектным словом «лабун» или «лабуня». В южнорусских и украинских говорах так называли болтуна, пустомелю, человека, который говорит много и не по делу. Прозвище Лабун, а затем и фамилия Лабунцов могли закрепиться за тем, кто любил «лабунить» — то есть болтать, тараторить. Суффикс -цов указывает на типичную восточнославянскую модель образования: «чей?» — Лабунцов, то есть сын или потомок Лабуна.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза — связь с глаголом «лабать» (играть на музыкальном инструменте, чаще не очень умело). В этом случае Лабун — прозвище музыканта-самоучки или того, кто шумно «лабает». Однако эта версия слабее: слово «лабать» — более позднее, арготическое, и его производные реже встречаются в старых фамилиях. Ономастический словарь Б. Унбегауна таких прямых параллелей не проводит, а вот диалектная «лабуня» фиксируется в этнографических источниках.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В дореволюционных переписях Лабунцовы чаще всего встречались в Воронежской, Курской и Харьковской губерниях. Это область, где оседлое крестьянское население активно образовывало фамилии на -ов/-ев от прозвищ, и «лабун» здесь звучало естественно. Встречаются и варианты написания — Лабунцев, с мягким окончанием, что тоже типично для тех же говоров.

В отличие от фамилий, образованных от церковных имён или профессий, Лабунцов — яркий пример того, как прозвище по характеру или поведению становилось родовым именем. Без дополнительных архивных изысканий нельзя утверждать, к какому сословию принадлежали первые носители, но суффикс -цов и отсутствие дворянских окончаний (-ский) указывают на крестьянскую или мещанскую среду.