Фамилия Лабынина — одна из тех, что хранят в себе загадку, над которой до сих пор спорят ономатологи. В основе её лежит прозвище или мирское имя Лабыня, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Лабынин сын, Лабынина дочь. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, что мы и видим.

Главный вопрос — что означало слово «лабыня». Самая распространённая версия связывает его с диалектным глаголом «лабать», который в разных говорах означал «играть на музыкальном инструменте», «стучать», «работать кое-как» или даже «петь». В таком случае Лабыня — прозвище музыканта, балагура или нерадивого работника. Однако у этой версии есть слабое место: в русских говорах чаще встречается форма «лабать», а не «лабынить», и переход гласной не до конца объяснён.

Более правдоподобной выглядит версия о происхождении от карельского или вепсского корня. В северных диалектах, особенно в Заонежье и Прионежье, слово «лаба» или «лабы» могло означать «низина», «сырое место», «болотистый луг». Фамилия Лабынин (а в женском роде Лабынина) могла закрепиться за человеком, жившим у такого урочища. Эта гипотеза подтверждается географией: фамилия встречается в основном на Русском Севере, в Архангельской и Вологодской областях, а также в Карелии.

Встречается и совсем редкая версия — от тюркского «лабын» (слабый, хилый), но она маловероятна, так как ареал фамилии не пересекается с тюркскими регионами. Как бы то ни было, фамилия Лабынина — нечастая, и её носительницы, скорее всего, ведут род из северных деревень, где их предка прозвали по месту жительства или по характеру, а не по ремеслу.