Фамилия Лагуточкин — редкий пример, где основа уходит не в прозвище, а в уменьшительно-ласкательную форму крестильного имени. В её основе лежит имя Лагуточка, которое образовали от Лонгин (в просторечии — Логгин). Латинское longinus переводится как «длинный», и это имя в христианской традиции носил римский воин, пронзивший копьем бок распятого Христа.

Сама модель — от имени Лагуточка через суффикс -ин — типична для русских фамилий XIX века: сначала Лагуточкин означало «сын Лагуточки». Цепочка преобразований здесь нестандартная: Лонгин → Логгин → уменьшительное Лагута → ещё более ласкательное Лагуточка → фамилия Лагуточкин. Двойной уменьшительный суффикс (-ут- и -очк-) говорит о том, что имя бытовало в среде, где ценили неофициальные, домашние формы — скорее всего, в крестьянской или мещанской среде.

Других версий происхождения у этой фамилии нет: корень не связан ни с географическими названиями, ни с ремёслами. Фамилия почти не встречается в старых писцовых книгах, что подтверждает её позднее оформление — вероятно, в XIX веке, когда фамилии активно закреплялись за бывшими государственными и помещичьими крестьянами.