Фамилия Лагутова образована от народной формы крестильного имени Лонгин (в церковном произношении Логгин). Исходное латинское longus означало «длинный», но в быту имя редко связывали с прямым значением — его давали в честь святого Лонгина Сотника. По христианскому преданию, этот римский центурион пронзил копьём бок распятого Христа, после чего, согласно апокрифам, прозрел и принял мученическую смерть за веру. Память Лонгина православная церковь отмечает 29 октября по новому стилю.

В русской ономастике имя Лонгин дало множество уменьшительных и просторечных вариантов: Лагин, Логута, Логун, Лагута. Именно форма Лагута, с чередованием корневых гласных и типичным для северо-западных говоров окончанием -ута, стала основой фамилии. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Лагутов — «сын Лагуты» или «из семьи Лагуты».

Скорее всего, первый носитель этого прозвания был человеком простого сословия: в среде крестьян и посадских людей канонические имена часто заменялись обиходными вариантами. Фамилия Лагутова закрепилась в основном в центральных и южнорусских областях, а также встречается на Украине, где суффикс -ута тоже продуктивен (сравните Борсук — Борсута, Козел — Козута). Таким образом, за фамилией стоит не столько «длинный» предок, сколько конкретный человек по имени Лагута, чьи потомки и стали Лагутовыми.