Фамилия Лапинин — редкий пример образования через двойной суффикс. В отличие от массовых фамилий на -ин (вроде Лапин), здесь к основе прибавили сначала -ин-, а затем ещё один суффикс — снова -ин. Такая модель характерна для прозвищ, которые уже сами по себе были уменьшительными или производными.

Основа фамилии — прозвище Лапиня. В русских говорах так могли называть проказника, шалуна, баловника. Слово «лапиня» родственно глаголу «лапать» — хватать, трогать руками, отсюда и значение: тот, кто лезет не в своё дело, озорник. Для удобства произношения конечный звук «м» в исходном имени (Лапа, Лап) мог опускаться, и уменьшительная форма Лапиня закрепилась как самостоятельное прозвище.

Исторические документы подтверждают существование родственных прозвищ. У С. Б. Веселовского записаны: Семён Фёдорович Лапа Кутузов (середина XV века), его сын Андрей Лапенок (дворянин в свите великой княгини Елены, 1495 год), Семён Иванович Лапа Заболоцкий (1529 год), Иван Васильевич Курган Лапин (дьяк, посол в Швецию, 1568 год). Все они — носители той же корневой основы «лап-», что и Лапиня.

Фамилия Лапинин — патронимическая: она отвечает на вопрос «чей?» и означает «потомок Лапини». То есть сначала от прозвища Лапиня образовалось отчество Лапинин («сын Лапини»), а затем оно закрепилось как фамилия. Это редкий случай, когда отчество не усекли до стандартной формы, а оставили с двойным суффиксом — как у фамилий Седовнин, Галкин-ин. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России, где такие модели сохранялись дольше.