Фамилия Лапот — редкий случай, когда в основе лежит не слово, а его усечённая форма. В отличие от привычных Лаптев, Лапотков или Лапоть, здесь нет суффикса, который обычно присоединяют к прозвищу, чтобы образовать фамилию. Лапот — это чистая основа, застывшая в именительном падеже. Такие фамилии чаще встречаются на Украине и в южных областях России, где бессуффиксный способ именования был распространён шире.

Исходное слово — «лапоть». Прозвище Лапоть на Руси давали не только тому, кто плёл лапти или ходил в них, но и человеку простому, неотёсанному, деревенскому. В переносном смысле «лапоть» означал простака или бедняка. В поговорках «лаптем щи хлебать» — жить в нужде, «не лаптем щи хлебать» — быть не таким уж простым. Так что прозвище могло быть как уничижительным, так и ироничным, закреплённым за человеком с характером или судьбой.

Фамилия Лапот зафиксирована в документах XVII века. В Переписной книге города Ельца 1691 года упоминается стрелец Лапот — без фамильного суффикса, просто по прозвищу. Позже это прозвище и стало фамилией для его потомков. Встречается она преимущественно в центрально-чернозёмных областях: Липецкой, Тамбовской, Воронежской.

В ономастике фамилию Лапот относят к группе так называемых «прозвищных» фамилий, которые не переосмысливались через патронимические суффиксы. Рядом стоят фамилии типа Кот, Пёс, Голод — тоже короткие, без -ов или -ин. Это делает Лапот не просто вариантом Лаптева, а самостоятельным именованием, сохранившим грубоватую прямоту исходного прозвища.