Фамилия Лапоткин образована от прозвища Лапотка — так в северных и центральных губерниях России называли того, кто плетёт лапти, или же человека, который постоянно ходит в лаптях, то есть крестьянина-бедняка. В словаре Владимира Даля «лапотка» — это и сам лапоть, и прозвище простоватого, небогатого мужика. В отличие от фамилий Лаптев или Лапотников, где суффиксы -ев и -ник указывают на прямую связь с профессией, в основе Лапоткина лежит уменьшительная форма прозвища: Лапотка → Лапоткин, то есть «сын Лапотки». Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность, как в фамилиях Дядин, Кузьмин.

Интересно, что фамилия Лапоткин встречается заметно реже, чем Лаптев, и имеет более узкую географию. По данным переписей XIX века, основное гнездо носителей — бывшая Вятская губерния (современные Кировская область, Удмуртия, Марий Эл). В Вятке лапти плели повсеместно, а прозвище Лапотка было настолько распространённым, что могло стать не только профессиональным, но и уличным — для обозначения нерасторопного или нарочито простого человека. В других регионах, например в южнорусских говорах, предпочитали форму Лапоть, откуда пошла фамилия Лаптев.

Словообразовательная модель Лапоткин — довольно архаичная. Суффикс -к- в основе (Лапот-к-а) характерен для прозвищ, которые в XV–XVII веках давали по предмету или занятию: Бородка, Рыбка, Топорка. Позже, когда фамилии закреплялись, к таким прозвищам добавляли притяжательный -ин, что и дало Лапоткина. Аналогично образованы Шапкин, Сапожкин, Горшков (от Горшок, а не Горшков напрямую). Если бы прозвище звучало как Лапоть, фамилия была бы Лаптев; если бы как Лапотник — Лапотников. Таким образом, по фамилии Лапоткин можно предположить, что предок нёс прозвище в уменьшительной форме, что иногда выдаёт более молодой возраст прозвища или его ироничный, бытовой оттенок.

Дворянских родов с фамилией Лапоткин не зафиксировано. В подавляющем большинстве случаев это крестьянская фамилия, что подтверждается её привязкой к ремеслу и отсутствием в родословных книгах. Встречаются единичные случаи, когда Лапоткиными становились бывшие монастырские крестьяне или однодворцы, но сословный потолок здесь — мещанство или купечество третьей гильдии. Исконное ударение, судя по вятским говорам, падает на первый слог: Лáпоткин, хотя в современном языке нередко слышат Лапóткин под влиянием фамилий на -отин.