Фамилия Лаптей принадлежит к группе прозвищ, образованных от названий ремёсел или предметов быта. В её основе лежит слово «лапти» — низкая плетёная обувь, которая была повседневной для крестьян на Руси вплоть до 1930-х годов. Прозвище Лаптей, скорее всего, дали человеку, который плёл лапти: это было распространённое, но необходимое в деревне занятие, требовавшее сноровки. Так мастер получал «профессиональное» именование, которое затем закреплялось за его потомками.

Менее распространённая версия связывает фамилию с игрой в лапту. В этом случае прозвище Лаптей мог получить азартный или ловкий игрок. Выбор между двумя гипотезами склоняется в пользу первой: ремесленные прозвища — один из самых частых источников русских фамилий, а лапти были настолько массовым предметом, что плетельщики составляли заметную социальную группу.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе «лапт-» добавили суффикс -ей, характерный для прозвищ (сравните с фамилиями Копей, Рыжей). Сама фамилия застыла в форме именительного падежа единственного числа, что встречается реже, чем стандартные -ов/-ев. Географически фамилия Лаптей и её варианты (Лаптев, Лаптевский) чаще всего встречаются в регионах, где лапти носили дольше всего — в центральной России и Поволжье.

В отличие от распространённой фамилии Лаптев, форма Лаптей сохранила исходное прозвище почти без изменений, что делает её более редкой и ценной для генеалогического поиска.