Фамилия Лаптенко звучит на украинский лад и указывает на происхождение из регионов, где были распространены такие модели образования. Суффикс -енко — один из самых характерных для украинской ономастики. Он означает «сын» или «потомок», то есть Лаптенко — это буквально «сын Лаптя». В основе лежит прозвище Лапоть.

Прозвище Лапоть в старину было нередким. Его давали человеку, который плел лапти, или, что встречалось чаще, человеку простому, неотесанному, бедному. Лапти — обувь крестьян, и прозвище могло закрепиться за тем, кто ходил в лаптях, в отличие от более зажиточных людей, носивших сапоги. В словаре древнерусских прозвищ С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Лапоть (XV век, Новгород), что подтверждает давнюю традицию такого именования.

Интересно, что суффикс -енко в фамилиях активно формировался в XVI–XVII веках на территории современной Центральной и Восточной Украины, а также в южнорусских землях (Курская, Воронежская, Белгородская области). Поэтому Лаптенко — фамилия, которая могла возникнуть как среди казаков и крестьян Запорожья, так и среди однодворцев (служилых людей) на южных рубежах Московского государства. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто были у бывших крепостных центральной России, Лаптенко — маркер свободного или служилого сословия малороссийского и южнорусского пограничья.

Встречаются и однокоренные фамилии: Лаптев (русский аналог), Лаптенок (белорусский вариант), Лаптьев, Лапотников. Но Лаптенко отличается именно уменьшительно-патронимическим суффиксом — он не просто называет человека по прозвищу, а подчеркивает его принадлежность к роду конкретного Лаптя. Первые носители фамилии, скорее всего, были людьми незнатными, но самостоятельными: ремесленниками, казаками, пахарями, для которых прозвище было бытовой характеристикой, а не обидной кличкой.