Фамилия Ларькова, скорее всего, произошла от просторечной формы мужского имени Илларион — Ларька. Само имя Илларион восходит к греческому hilarios, то есть «веселый». Такие «усеченные» имена были широко распространены в простонародной среде, поэтому основатель рода Ларьковых, по всей видимости, принадлежал к простому сословию. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилии как притяжательного прилагательного: «чей?» — Ларьков, то есть сын или потомок Ларьки.

Существует и другая версия, хотя она менее правдоподобна. Согласно ей, в основе лежит не имя, а нарицательное «ларек» — небольшой ящик с откидной крышкой для торговли на базарах. В таком случае прозвище Ларек могли дать торговцу. Однако ономастика чаще связывает фамилии на -ов с личными именами, чем с названиями предметов, поэтому версия с именем Илларион выглядит убедительнее. Как бы то ни было, в обоих случаях фамилия закрепилась за потомками человека, которого в быту звали Ларек или Ларька.