Фамилия Латишенко — редкий пример, когда прозвище, лёгшее в основу, не имеет однозначного толкования, но сама модель образования прозрачна. Суффикс -енко указывает на украинское или южнорусское происхождение и означает «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. Первичная форма — Латиш, а Латишенко — буквально «сын Латиша».

Самая правдоподобная версия связывает корень с этнонимом «латыш». В XVI–XVIII веках на украинских землях и юге России латышами могли называть не только выходцев из Прибалтики, но и пленных, переселенцев, а также солдат латышских полков на русской службе. Прозвище Латиш мог получить человек со светлыми волосами и глазами, либо тот, кто говорил с необычным акцентом, или просто пришлый с северо-запада. Эта версия подкрепляется тем, что в малороссийских реестрах и переписях встречаются прозвища по национальному признаку — Москаль, Поляк, Сербин; Латиш логично встраивается в этот ряд.

Менее убедительна, но возможна связь с диалектным глаголом «латишиться» — в некоторых говорах так означало «лебезить, подлизываться». В этом случае Латиш — прозвище льстивого или хитрого человека. Однако у этой версии нет широкого распространения в ономастических словарях, и она уступает этнической гипотезе по частоте встречаемости подобных фамилий.

Географически фамилия Латишенко тяготеет к Слобожанщине и восточным областям Украины — Харьковской, Сумской, Луганской. В России она встречается спорадически, чаще всего в приграничных с Украиной регионах и в Краснодарском крае, куда переселялись малороссы.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и осталась относительно редкой. В отличие от массовых фамилий вроде Коваленко или Шевченко, Латишенко не попала в число типовых казацких или крестьянских родовых имён, что косвенно подтверждает её происхождение от прозвища конкретного человека, а не от профессии или отчества по имени. Носителям фамилии стоит обратить внимание на генеалогию по линии отца: поиск предка по имени Латиш в исповедных росписях или ревизских сказках XVIII века — самый прямой путь к корням.