Фамилия Латынин образована имени Латыня (Лотыня), которое является уменьшительной формой старинного крестильного имени Лот. В переводе с еврейского языка оно означает «покрывало». Согласно другой гипотезе, фамилия Латынин имеет искусственное происхождение. Подобные фамилии, как правило, возникали в семинарской среде, когда человек к моменту поступления в семинарию ещё не имел официально закрепившейся фамилии, или когда естественно сложившаяся фамилия будущего церковнослужителя ассоциировалась с неподобающими сану вещами: например, Пьянов, Любовников, Разгуляев. В данном случае фамилия восходит к краткому названию латинского языка — латынь. Вероятно, это связано с ярко выраженной латинской традиции, возникших в результате тесных контактов с сильно латинизированной польской культурой XVI-XVI веков. Поэтому фамилии, происхождение которых было связано с латинскими понятиями и реалиями, были чрезвычайно популярны среди представителей православной церкви, отстаивающей византийские традиции. В давние времена латынями называли католиков за их приверженность к латыни: в католицизме все богослужения проходят на латинском языке. Соответственно, прозвище Латыня мог получить приверженец католической веры. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Латыня, со временем получил фамилию Латынин.