Фамилия Латынина — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидный выбор между двумя совершенно разными корнями. Первая версия ведет к библейскому имени Лот (в переводе с еврейского — «покрывало»). Его уменьшительная форма — Латыня или Лотыня — и легла в основу фамилии. По этой логике, Латынина — обычная «патронимическая» фамилия: сын, внук или потомок человека по прозвищу Латыня, данного по имени.

Вторая версия интереснее и исторически насыщеннее. Она выводит фамилию из семинарской среды, где фамилии нередко давали «искусственно». Если у будущего священника не было родовой фамилии или она казалась неблагозвучной для сана (Пьянов, Разгуляев), ему могли присвоить новую — книжную, отвлеченную. В этом случае основа — слово «латынь», то есть латинский язык. В XVI–XVII веках, в период тесных контактов православной церкви с сильно латинизированной польской культурой, латынь стала маркером образованности и одновременно религиозного спора. Семинаристу, проявившему успехи в латыни, или просто выходцу из среды, где латинская традиция была на слуху, могли дать фамилию Латынин (а его потомку — Латынина).

Есть и третий, бытовой пласт. В народе «латынями» называли католиков — за то, что их богослужение шло на латинском языке, в отличие от православного церковнославянского. Прозвище Латыня мог получить человек, державшийся католической веры или просто чем-то напоминавший окружающим католика. От этого прозвища фамилия образовалась по той же простой модели: Латыня + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Латыни»).

Какая из версий верна для конкретной семьи, без генеалогического исследования не скажешь. Но сама фамилия Латынина — хороший пример того, как в русской ономастике могут скреститься церковная книжность, межконфессиональные прозвища и обычное имя из святцев.