Фамилия Лебедек образована от мирского имени Лебедек, которое произошло от названия птицы — «лебедь». В основе лежит западнославянское, скорее всего польское, слово «łabędź» (лебедь) с характерным суффиксом -ек, который в белорусской и польской традиции указывает на уменьшительность или принадлежность. Если в русских фамилиях чаще встречается суффикс -ев (Лебедев), то форма Лебедек — редкий случай, когда прозвище застыло в исходном виде, без добавления родового окончания.

Наиболее вероятный путь появления такой фамилии — через миграцию: носитель прозвища Лебедек из Польши, Беларуси или Западной Украины перебрался в центральные регионы, где фамилию записали без адаптации под местные модели. В польских источниках встречается вариант Łabędź, а Лебедек — его уменьшительная форма, которую могли дать человеку за белокурые волосы, стройную осанку или за то, что он держал лебедей.

В отличие от массовой фамилии Лебедев, Лебедек не попал в основные своды русских фамилий — её нет ни у Унбегауна, ни в работах Веселовского. Это говорит о том, что фамилия бытует локально и могла возникнуть позже, в XIX веке, при паспортизации выходцев из западных губерний. В современной России она встречается единично, чаще — в Беларуси и Польше, где суффикс -ек остаётся продуктивным.