Фамилия Лебедухин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не имеет однозначного «звериного» толкования, хотя лебедь здесь ни при чём. Вопреки ожиданию, корень «лебед-» в этой фамилии чаще всего связан не с птицей, а с растением — лебедой. В северных и центральных говорах «лебедухой» называли либо самого любителя лебеды (в голодные годы её ели), либо человека, занимавшегося её заготовкой. Есть и вторая версия: в диалектах «лебеда» означала не только сорняк, но и переносно — «бестолковый, пустой человек». Однако прозвище могло быть и чисто утилитарным: так могли прозвать того, кто жил на поле, заросшем лебедой, или торговал ею.

Суффикс «-ухин» — один из самых редких в русской фамильной модели. Он характерен для прозвищных фамилий Северо-Запада и Вятки, где активно использовали суффиксы субъективной оценки. Если бы фамилия образовалась от имени Лебедь, мы бы видели «Лебедев» или «Лебедин». Форма «Лебедухин» чётко указывает на прозвище Лебедуха — то есть человека, которого дразнили за связь с лебедой, либо, реже, за худобу и длинную шею (но это уже народная этимология, менее вероятная).

В ономастических справочниках фамилия не фигурирует как широко распространённая. Она встречается точечно в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний — регионах, где лебеду действительно употребляли в пищу и где сохранились архаичные словообразовательные модели. Социально носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянству или посадским людям: прозвища, образованные от растений и продуктов, редко давали дворянам.

Таким образом, Лебедухин — не «лебяжий» и не «белый», а потомок человека, которого окружающие прочно связали с лебедой. Фамилия держится на редком суффиксе и бытовом контексте, что делает её ценной для историков говоров и диалектной лексики.