Фамилия Легинькова — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а польская или белорусская, и связана с профессией. В её центре лежит слово «легинь» (lęgnić) или «ленгинь» — так в польских говорах называли льновода, то есть человека, который занимался выращиванием и первичной обработкой льна. В старой Польше и западных регионах Беларуси это было распространённое ремесло: лён шёл на ткани, канаты, паклю. Мужская форма фамилии — Легиньков — образована через типично русский суффикс принадлежности -ов, который добавили к польской основе, когда носитель фамилии попал в среду русского делопроизводства. Женский вариант Легинькова, соответственно, указывает на жену или дочь такого человека.

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от географического названия. В Польше есть несколько сёл и местечек с корнем «Ленг» (Łęg) — это «луг» или «низина». От них могли образовать прозвище «Ленгинь» — «житель с луга». Но здесь слабое место: суффикс -инь в таком значении встречается редко, а профессия льновода объясняет форму естественнее. Третье предположение — связь с личным именем Лев (через уменьшительное Легинь) — не выдерживает критики: от Льва пошли бы фамилии Львов, Лёвин, но не Легиньков.

С точки зрения словообразования фамилия стоит на стыке двух культур. Суффикс -ов в русском языке обычно крепится к основе на твёрдый согласный, но здесь основа «Легинь» заканчивается на мягкий «нь», что для русских фамилий нетипично — чаще бывает Легин. Сохранение мягкости — прямой след польского произношения. В самой Польше фамилия выглядела бы как Легинькович или Легиньский, но на восточных землях, где смешались языки, её «обрусели» простым суффиксом.

Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из западных губерний Российской империи — Гродненской, Минской, Виленской. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Встречаемость фамилии сегодня низкая, она сосредоточена в основном в России, куда предки могли переехать в ходе переселений конца XIX — начала XX века. В современных базах данных Легинькова фигурирует редко, что только подтверждает её узкорегиональное происхождение.