Фамилия Лекаев — редкий пример, где географический ключ оказывается важнее, чем разбор корня. В центральной России, на Дону и в Поволжье она практически не встречается. Основной ареал — Северный Кавказ и Закавказье, прежде всего Осетия. Именно осетинское происхождение фамилии сегодня считается наиболее обоснованным.

В осетинском языке основа «Лека» — это этноним, обозначающий представителя лезгинских народов (лезгин, табасаранцев, рутульцев). Для осетин, живших по соседству с горцами Дагестана, прозвище «Лека» было собирательным: так называли любого воинственного горца с востока, от лезгин до аварцев. Фамильный суффикс -ев (а в осетинском варианте — -ты/-тæ) указывает на принадлежность: Лекаев буквально значит «потомок того, кого прозвали Лека» или «выходец из лезгин». По одной из версий, предок-основатель мог быть пленником, переселенцем или наёмным воином из Дагестана, который осел в осетинском селении и со временем породнился с местными.

Словообразовательная модель проста: прозвище Лека + русский патронимический суффикс -ев, который закрепился в документах при записи осетинских фамилий в XIX — начале XX века. Внутри Осетии фамилия сохраняет ударение на последний слог — Лека́ев, что типично для осетинских фамилий на -ев. В русской среде ударение часто смещается на второй слог — Ле́каев, по аналогии с фамилиями вроде Корнеев.

Встречается и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Лека (уменьшительная форма от Али, Эльдар или Ильяс с местным произношением). Но она не объясняет, почему фамилия почти не встречается у татар, башкир или казахов, зато плотно привязана к осетинскому региону. Поэтому этническое прозвище «лезгин» остаётся главной и самой конкретной гипотезой.